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Los colonos de habla Nguni, que luego fueron conocidos como Ndebele (derivado de la palabra 'refugiados' en Sesotho), fueron probablemente los primeros en reconocer la idoneidad del valle que llegaría a ser el lugar en el que se ubicaría la futura ciudad de Pretoria como asentamiento. Durante el período de gran convulsión social que se vivió en gran parte del África Austral entre 1818 y 1840 (conocido como Mfecane) otro grupo de refugiados llegó a esta zona proveniente de Natal bajo el liderazgo de Mzilikazi. Sin embargo, fueron forzados a abandonar sus aldeas tras los ataques zulúes en 1832.La ciudad de Pretoria como tal fue fundada en 1855 por Marthinus Wessel Pretorius, un líder de los Voortrekkers, y la llamó así en honor a su padre, Andries Pretorius. Éste se convirtió en héroe nacional para los Voortrekkers tras su victoria sobre los zulúes en la Batalla del Río Sangriento. Andries Pretorius también estuvo presente en el Tratado del Río Sand (1852), en la que Gran Bretaña reconoció la independencia de Transvaal. Se convirtió en la capital de la República de Sudáfrica el 1 de mayo de 1860.
La fundación de Pretoria como capital de la República de Sudáfrica se puede interpretar como el fin del nomadismo de los asentamientos Bóers de la Gran Marcha.
Durante la Primera Guerra de los bóers, la ciudad fue asediada por las fuerzas republicanas en diciembre de 1880 y marzo de 1881. El tratado de paz que dio fin a la guerra fue firmado en Pretoria el 3 de agosto de 1881 en el Tratado de Pretoria.
La Segunda Guerra de los bóers (1899 a 1902) tuvo como resultado el fin de la República de Sudáfrica y el inicio de la hegemonía británica en Sudáfrica. Durante la guerra Winston Churchill fue encarcelado en las Escuelas Modelo del Estado en Pretoria, pero logró escapar a Mozambique. La ciudad capituló ante las fuerzas británicas comandadas por Frederick Roberts el 5 de junio de 1900 y el conflicto finalizó en Pretoria con la firma del Tratado de Vereeniging el 31 de mayo de 1902.
Las repúblicas bóer de la República de Sudáfrica y el Estado Libre de Orange fueron unificadas con la Colonia del Cabo y la Colonia de Natal en 1910 para formar la Unión Sudafricana. Pretoria pasó a ser la capital administrativa de toda Sudáfrica, con Ciudad del Cabo como capital legislativa. Desde 1860 hasta 1994, la ciudad fue también la capital de la provincial de Transvaal, antecediendo a Potchefstroom.
Tras la creación de nuevas estructuras municipales en Sudáfrica en el año 2000, fue adoptado el nombre Tshwane para la Municipalidad Metropolitana que incluye Pretoria y otros núcleos adyacentes. Tras la caída del apartheid, en 1994, Peter Holmes Maluleka fue elegido como alcalde provisional de Pretoria, hasta la celebración de las primeras elecciones democráticas que se celebraron ese año, convirtiéndose en el primer alcalde negro de la capital de Sudáfrica. Más tarde Maluleka se convirtió en el presidente del Municipio Metropolitano de Gran Pretoria (posteriormente Municipio Metropolitano de la Ciudad de Tshwane), luego vocal del Municipio Metropolitano de Tshwane y en 2004 fue elegido miembro del Parlamento sudafricano por Soshanguve.
